A Casa do Bandeirante representa um dos exemplares típicos das habitações rurais paulistas construídas entre os séculos XVII e XVIII em vasta área periférica ao núcleo urbano primitivo, localizadas predominantemente junto à bacia de dois rios: o Tietê e o seu afluente Pinheiros.
Neste conjunto remanescente, identificado a partir da década de 30 em princípio por Mario de Andrade e depois por Luis Saia, esta casa representa um raro exemplar de edificação que acompanha as mudanças da cidade de São Paulo desde os primeiros séculos da colonização portuguesa, evidenciando em seu partido arquitetônico e em suas paredes a memória dos processos construtivos da arquitetura colonial paulista, em especial da taipa de pilão.
A história do Butantã, região onde a casa se encontra, remonta ao ano de 1566, quando foi concedida uma sesmaria a Jorge Moreira e Garcia Rodrigues, na paragem conhecida como Uvatantan. Em 1602 há registros dessa propriedade como pertencente a Afonso Sardinha, com o nome de Ubatatá, termo tupi que significa "terra dura". Posteriormente foi feita a doação de seus bens à Capela de Nossa Senhora das Graças da ordem dos jesuítas.
Com a expulsão dos jesuítas em 1759, a área foi a leilão e pertenceu a vários proprietários, tendo sido adquirida por Eugênio Vieira de Medeiros em 1875, sendo conhecida na época com o nome de "Rio Abaixo dos Pinheiros".A Cia. City de São Paulo, comprou o imóvel em 1912 e doou à municipalidade, em 1944, a área que incluía a edificação conhecida então como a "Casa Velha do Butantã". Após a doação o imóvel permaneceu sem definição de uso até o início dos anos 50.
Em 1953, a Comissão do IV Centenário de São Paulo torna-se responsável pela casa promovendo sua restauração, realizada pelo arquiteto Luis Saia e nela instalando a partir de 30 de outubro de 1955, um museu evocativo da época das bandeiras, com acervo próprio, a partir do recolhimento de móveis, utensílios e outros objetos históricos no interior de São Paulo, Minas Gerais e Vale do Paraíba. Acumulando simbolicamente ao longo dos anos identidades diversas, a Casa do Bandeirante está incluída, em caráter permanente, nos roteiros turístico-históricos da cidade, ícone de um passado histórico idealizado, espaço de crítica e contextualização de mitos e documento arquitetônico preservado.
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